El cáncer bacteriano es causado por la bacteria Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis y es una de las enfermedades más devastadoras del cultivo del tomate. Puede llegar a causar pérdidas superiores al 60% de la producción. Dada la agresividad de esta enfermedad, su control y manejo están basados en una detección temprana y medidas preventivas.
Koppert México, en su afán de promover la investigación y la transferencia de tecnología, ha destinado capital económico y humano para encontrar nuevas técnicas de detección precisa y temprana del Clavibacter, y así minimizar los daños al cultivo causados por esta enfermedad. Desde el 2013, la organización ha trabajado con el Laboratorio Nacional de Genómica para la Biodiversidad (LANGEBIO), del Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (CINVESTAV) y con la Agrícola El Rosal en una nueva técnica para la detección molecular del Clavibacter. Después de un período de exitosos resultados, decidimos que era el momento de hacer la transferencia tecnológica de lo que se había desarrollado y con este propósito formamos de manera tripartita una nueva empresa: ENDOGENOMIKS.
ENDOGENOMIKS
El nombre de esta nueva compañía es un acrónimo que viene de la palabra endófito, que se refiere a los microorganismos que viven en la planta, y de genómica, que se refiere al estudio de la información genética que hemos utilizado para entender el cáncer bacteriano del tomate. El objetivo de ENDOGENOMIKS es poner al servicio de los productores las herramientas tecnológicas recientemente desarrolladas, como lo es el diagnóstico del Clavibacter, entre otras. Este diagnóstico tiene ventajas sobre lo que ya existe en el mercado, ya que utiliza un método único realizado con la prueba PCR.
La reacción en cadena de la polimerasa, conocida como PCR por sus siglas en inglés (polymerase chain reaction), es una técnica de biología molecular en la que se detectan genes específicos en las bacterias, entre otras cosas. En este caso, a través de ésta se detectó un gen específico en la bacteria de Clavibacter.
A lo largo de más de 7 años de investigación sobre el Clavibacter hemos obtenido una extensa colección de cepas de todo el país con diferentes variaciones, entre ellas: el año en el que fueron recolectadas, la variedad del tomate en la que se origina, si provienen de un invernadero o de campo abierto y en el origen de la semilla. De aquí, se ha encontrado que esta bacteria tiene una gran variedad en su genoma, lo que dificulta que la detección sea confiable si no se hace de la manera correcta. Para evitar este problema, ENDOGENOMIKS ha utilizado su amplia colección de cepas y de genomas obtenida por medio de la tecnología molecular PCR, y ha podido identificar la región en el genoma que siempre está presente en todas las cepas, y de esa manera utiliza esa región como marcador para identificar con precisión el Clavibacter.
En muchos estudios para la detección de esta bacteria existe el riesgo de obtener un mal diagnóstico gracias a los falsos positivos, esto quiere decir que se considere un gen o fragmento del genoma pero que al mismo tiempo esté en las otras bacterias que conforman el microbioma del tomate. Lo que ENDOGENOMIKS hace, además de detectar una región que siempre está presente en el Clavibacter, es asegurar que esa región no está presente en las otras bacterias, ya que también se cuenta con un amplio banco del genoma de éstas.
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